The Netherlands
July 5, 2023
From 12 to 14 June, various organisations came together in Barcelona for the European project INVITE. More than 90 attendees from various institutions and organisations shared presentations of the studies and their conclusions and engaged in discussion. Naktuinbouw also took part.
The five-year project INVITE (Innovations in plant Variety Testing in Europe) started in 2019 and focuses on innovations in Plant Breeders' Rights and value for cultivation or use testing (VCU). The core of INVITE is to improve the security of the assessment, especially through the use of new technology. It is about the resistance of new varieties to stress. Both for diseases and pests and for stress due to challenging environment conditions such as heat and drought. The emphasis is on developing new measurement and analysis methods with sensors, models and artificial intelligence. One of the roles of Naktuinbouw is the use and implementation of DNA databases and image analysis, or phenotyping tools.
Work Packages
Nine so-called work packages have been named in the project. Among other things Naktuinbouw plays a part in database management from the various packages. The other themes we work on are the use and implementation of DUS, VCU and genotype databases (WP7) and image analysis or phenotyping (WP2).
Structuring DUS data
The main goals of WP7 are:
- Facilitate data interoperability and exchanges within the consortium
- To set up a prototype of a common database to store phenotypic and genotypic variety data and provide a user-friendly interface.
Since 2020 Naktuinbouw has provided a dropbox-like data sharing system in the form of NextCloud. It even allows terabytes of data to be shared. The consortiurm exchanges variety data with each other via this platform. In addition, Naktuinbouw also hosts a 'gitlab code repository' to maintain the source code.
Due to covid, there was delay in generating data within the project. But in the last one year significant data got generated and needed a place to be stored. So, Naktuinbouw started working on the database proactively.
During the annual meeting, Shivendra Dayal from Naktuinbouw, co-leader of WP7 and developer of the database released the first version of the database in which all kinds of DUS, VCU and genotype data can be stored. During the presentation itself, people were able to explore the features of databases live themselves. All properties of ryegrass are stored in the database. This database can be used to view the variation of ryegrass properties over the years. It has separate sections tot manage data and view data. There are also plans to add DUS / VCU data for tomato, maize and potato to the database. There was also a survey conducted to understand for which crops the consortium was interested in storing data. The database architecture generated lot of interest in the consortium and even the countries outside Europe working in projects like INVITE wanted to collaborate further on it.
Michel Ebskamp and Bert Scholte from Naktuinbouw shared their knowledge and provided aewsome insights in discussions around DUS and VCU. Follow up appointments have been made with different experts to discuss the state of play in the crops for which Naktuinbouw had provided input: tomato, perennial rye grass and potato. In addition, WUR experts will visit the DUS trials in grasses and potato in Tollebeek to address possibilities for the remaining 1.5 years of the project.
Image analysis and phenotyping
WP2 is about the setting up of a fast, cheap method to assess a number of external characteristics using vision techniques.
During the work package 2 meeting, the participants had the opportunity to try out the tomato phenotyping app. WUR had developed this app and Naktuinbouw was its first client. The users downloaded the 500 MB app on the Android phones and ran real-time tests.
Participants
Organisations from nine countries are participating. For the Netherlands: Naktuinbouw, NAK and WUR. Representatives from around 50 different institutes attended -- AFBI, Arcadia International, CREA, IRTA/CRAG, The University of Queensland, Better3fruit, Inrae, ARVALIS, Acta , Agri-food and Biosciences Institute, University of Angers/INRAE, Euroseeds , NIAB , CTIFL, CPVO, NEBIH, Hungary, University of Hohenheim, Naktuinbouw, WUR, GEVES, AGES, Center for Research in Agrigenomics (CRAG), Agroscope, Research Center Laimburg, Technical University of Madrid, INRAE-ISHS, The National Institute of Horticultural Research, Arcadia, ILVO, Bundessortenamt / Federal Plant Variety Office, National Food Chain Safety Office, Hungary, AGES - Austrian Agency for Health and Food Safety, Research Institute for Organic Agriculture FiBL, ÚKZÚZ, Teagasc, BioSS, INRAE-LEPSE, CSIC, SASA , CREDA-UPC-IRTA, CRA-W, CONSULAI.
Want to know more about INVITE?
Sign up for INVITE's newsletter to stay informed.
Annual meeting INVITE: delen gegevens en fenotypering
Van 12 tot en met 14 juni kwamen diverse organisaties bij elkaar in Barcelona voor het Europese project INVITE. Meer dan 90 aanwezigen van diverse instellingen en organisaties deelden presentaties van de onderzoeken en hun bevindingen en gingen met elkaar in discussie. Naktuinbouw nam ook deel.
Het vijfjarige project INVITE (Innovations in plant VarIety Testing in Europ) startte in 2019. Het project richt zich op innovaties rond rassenonderzoek (DUS en gebruikswaarde). De kern van INVITE is om de efficiëntie van de beoordeling te verbeteren, vooral door gebruik van nieuwe technologie. Het gaat om de weerbaarheid van nieuwe rassen tegen stress. Zowel om ziekten en plagen als om stress door omstandigheden zoals hitte en droogte. De nadruk ligt op ontwikkeling van nieuwe meet- en analysemethoden met sensoren, modellen en kunstmatige intelligentie. Naktuinbouw levert een aandeel in beeldanalyse, DNA en de ontsluiting van data.
Workpackages
In het project zijn negen zogenaamde workpackages oftewel werkpakketten benoemd. Naktuinbouw heeft onder andere een aandeel in het structureren van de data uit de verschillende pakketten. De andere thema's waar we aan werken zijn het gebruik en de implementatie van DUS, VCU en genotype databasen (WP7) en beeldanalyse of fenotypering (WP2).
DUS-gegevens: data structureren
De hoofddoelen van WP7 zijn:
- Faciliteer de interoperabiliteit (verschillende systemen die met elkaar communiceren en interacteren) en uitwisseling van gegevens binnen de samenwerking.
- Zet een prototype op van een gemeenschappelijke database om fenotypische en genotypische rasgegevens op te slaan met een gebruiksvriendelijke interface.
Sinds 2020 levert Naktuinbouw een dropbox-achtig datadeelsysteem in de vorm van NextCloud. Het maakt het zelfs mogelijk om terabytes aan gegevens te delen. Via dit platform wisselt het consortium rasgegevens met elkaar uit. Daarnaast host Naktuinbouw ook een 'gitlab code repository' om de broncode te onderhouden.
Door covid was er vertraging bij het genereren van data binnen het project. Maar in het afgelopen jaar zijn er aanzienlijke gegevens gegenereerd die een plek nodig hadden om te worden opgeslagen. Dus ging Naktuinbouw proactief aan de slag met de database.
Shivendra Dayal van Naktuinbouw, co-leider van WP7 en ontwikkelaar van de database heeft tijdens de jaarvergadering de eerste versie van de database vrijgegeven, waarin allerlei DUS-, VCU- en genotypegegevens kunnen worden opgeslagen. Tijdens de presentatie zelf konden mensen zelf de mogelijkheden van de database live verkennen. Alle eigenschappen van raaigras zijn opgeslagen in de database. Deze database kan worden gebruikt om de variatie van raaigraseigenschappen door de jaren heen te bekijken. Het heeft aparte secties om gegevens te beheren en gegevens te bekijken.
Ook zijn er plannen om DUS-/VCU-gegevens van tomaat, maïs en aardappel aan de database toe te voegen. Er werd ook een enquête gehouden om te begrijpen voor welke gewassen het consortium geïnteresseerd was in het opslaan van gegevens. De database-architectuur wekte veel belangstelling bij het consortium en zelfs de landen buiten Europa die in projecten zoals INVITA werken, wilden er verder aan meewerken.
Michel Ebskamp en Bert Scholte van Naktuinbouw deelden hun kennis en gaven geweldige inzichten in discussies rond DUS en VCU. Met verschillende experts zijn vervolgafspraken gemaakt om de stand van zaken te bespreken in de gewassen waarvoor Naktuinbouw input heeft geleverd: tomaat, Engels raaigras en aardappel. Daarnaast bezoeken WUR-experts de DUS-proeven in grassen en aardappelen in Tollebeek om de mogelijkheden voor de resterende 1,5 jaar van het project te bespreken.
Beeldanalyse en fenotypering
In WP2 gaat het om de ontwikkeling van een snelle, goedkope methode om een aantal uiterlijke kenmerken te beoordelen met visiontechnieken.
Tijdens de bijeenkomst van werkpakket 2 kregen de deelnemers de kans om de app voor het fenotyperen van tomaten uit te proberen. WUR had deze app ontwikkeld en Naktuinbouw was de eerste opdrachtgever. De gebruikers downloadde de app van 500 MB op de Android-telefoons en deden real-time tests.
Over het werkpakket beeldanalyse met visiontechnieken leest u meer in het artikel Automatische beoordeling raskenmerken levert winst op.
Deelnemers
Er doen organisaties uit negen landen aan mee. Voor Nederland: Naktuinbouw, NAK en WUR. Er waren vertegenwoordigers aanwezig van ongeveer 50 verschillende instituten: AFBI, Arcadia International, CREA, IRTA/CRAG, The University of Queensland, Better3fruit, Inrae, ARVALIS, Acta , Agri-food and Biosciences Institute, University of Angers/INRAE, Euroseeds , NIAB , CTIFL, CPVO, NEBIH, Hungary, University of Hohenheim, Naktuinbouw, WUR, GEVES, AGES, Centre for Research in Agrigenomics (CRAG), Agroscope, Research Center Laimburg, Technische universiteit van Madrid, INRAE-ISHS, The National Institute of Horticultural Research, Arcadia, ILVO, Bundessortenamt / Federal Plant Variety Office, National Food Chain Safety Office, Hungary, AGES - Oostenrijks Agentschap voor Gezondheid en Voedselveiligheid, Onderzoeksinstituut voor Biologische Landbouw FiBL, ÚKZÚZ, Teagasc, BioSS , INRAE-LEPSE, CSIC, SASA, CREDA-UPC-IRTA, CRA-W, CONSULAI.
Meer weten over INVITE?
Meld u aan voor de nieuwsbrief van INVITE om op de hoogte te blijven.
Topics
Species
