September 10, 2010
After the high coverage sequencing, splicing and assembly of common wild rice genome, the genome framework map was completed by a research team led by Prof. Gao Lizhi at the Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences (CAS). This is the first wild rice genome sequencing project completed by Chinese scientists and is also the first wild rice genome framework map with high heterozygosity in the world. It was shown that common wild rice genome had nearly 370 million base pairs and contained about 40,000 genes. The sequencing depth was 70 times of the genome size and 92% of the wild rice genome had been covered, as well as more than 90% of the genes. At present, the research team is stepping up the detailed genome map of common wild rice.
Following the indica (9311) genome framework map completed by Chinese scientists, the common wild rice genome framework map and further sequencing of the detailed genome map will promote the large-scale analysis and identification of important functional rice genes to provide unprecedented opportunities for high-throughput mining and utilizing of excellent wild rice genetic resources. It will also boost the improvement of rice varieties and germplasm and make it possible for an in-depth understanding of the origin and acclimation mechanisms of cultivated rice in Asia.
Original article:"
http://www.kib.ac.cn/jgsz/kyxt/xnsw/zxdt/201008/t20100823_2930825.html
我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱的绘制
2010年8月，中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者高立志研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队，历时一年，运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析，对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前已经完成了普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、拼接和组装工作，获得了普通野生稻全基因组从头测序的框架图，基因组图谱已达到国际领先的基因组图谱标准。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划，也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。
本项目的完成主要依托于2009年底顺利通过了国家验收的国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库先进的基因组学与生物信息学平台。测序工作主要由第二代高通量测序仪Solexa GA II完成，生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、512 GB的大内存节点和100 TB的存储的超算平台。普通野生稻全基因组是利用高通量、低成本的第二代Solexa测序技术对不同长度的shotgun文库测序，辅以构建较长片断文库的454 测序技术；项目还用454测序技术完成了多个组织转录组的测序工作，为基因组的准确注释提供参考。研究表明，普通野生稻的基因组大小约为3.70亿个碱基对，含有的基因总数目约为4.0万个，测序深度已达基因组大小的70倍，测序结果已覆盖92% 的普通野生稻全基因组，基因覆盖度约为 90％以上。目前，项目组正在加紧绘制普通野生稻的基因组精细图谱。
中国是亚洲栽培稻的起源地之一，水稻是中国第一大粮食作物，养活了80％以上的中国人口。普通野生稻是亚洲栽培稻的公认祖先种,蕴藏着许许多多我们尚未认识与利用的优异基因。由于它与栽培稻有着密切的亲缘关系,迄今水稻常规育种取得的大多数突破无不与发掘利用该种野生稻的优异基因相关。众所周知的例证是，袁隆平等利用海南岛的一株雄性不育普通野生稻（野败）中的细胞质雄性不育基因，育成了闻名中外的杂交水稻。
迄今，粳稻（日本晴）基因组的精细图谱已经获得。继我国科学家自主测序完成籼稻（9311）基因组的框架图谱以后，目前普通野生稻全基因组框架图谱的获得以及精细图谱的进一步绘制，不仅大大地促进水稻重要功能基因的规模化解析与鉴定，为高通量地发掘利用普通野生稻丰富的优异基因资源提供了前所未有的机遇，必将有效地推动我国水稻的品种改良和种质创新，使得我们深入认识亚洲栽培稻的起源与驯化机制成为可能。此外，普通野生稻被列为中国的二级保护植物,在我国三种野生稻中濒危状况最为严重。毋庸置疑，对事关我国现在和未来水稻育种与国家稻米粮食安全的普通野生稻全基因组计划的开展，对奠定我国野生稻种质资源的研究、利用和保护的雄厚科学基础具有非常重要的意义。
该项目的完成得到了云南省自然科学基金重点项目、云南省高端科技人才项目、中国科学院“百人计划”海外杰出人才择优支持项目和院方向性重点项目的大力支持。云南是亚洲栽培稻的遗传多样性中心之一，云南普通野生稻全基因组的框架图的完成，必将大大促进以丰富的稻种资源闻名于世的稻种起源地云南的野生稻资源的研究与发掘利用。普通野生稻基因组计划取得的成果，标志着国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库基因组学与种质资源实验平台和研究团队的初步建成，必将对植物王国云南丰富的野生植物种质资源的研究、保护与发掘利用产生深远的影响。
http://www.kib.ac.cn/jgsz/kyxt/xnsw/zxdt/201008/t20100823_2930825.html
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